تتولى إدارة الهيئة تحقيق الأهداف والغاية المناطة بالهيئة، طبقاً لأحكام قرار مجلس الوزراء رقم (281) لسنة 2013م، بإعادة تنظيم الهيئة الوطنية للبحث العلمي وتقرير بعض الأحكام، وقرار مجلس الوزراء رقم (215) لسنة 2014م، بشأن إنشاء المجلس الأعلى للبحث العلمي، وقرار المجلس الرئاسي لحكومة الوفاق الوطني رقم (895) لسنة 2020م، بشأن إعادة تنظيم هيئة أبحاث العلوم الطبيعية والتكنولوجيــــا، ولها في سبيل ذلك اتّخاذ جميع الإجراءات اللازمة و الاختصاصات الواردة في القرارات المشار إليهما أعلاه.
الهيكل التنظيمي للجهاز الإداري للهيئة الليبية للبحث العلمي:
- مدير عـــــــــام الهيئة.
- مكتب مدير عام الهيئة.
- مكتب المراجعة الداخلية.
- مكتب ضمان الجودة.
- مكتب المتابعة.
- مكتب التعاون الدولي.
- مكتب التدريب والمنح والابتعاث.
- مكتب التأليف والنشر العلمي.
- مكتب المشاريع الابتكارية والريادة.
- المكتبة المركزية.
- مكتب التنمية المستدامة.
- إدارة دعم البحث العلمي.
- إدارة الشؤون القانونية
- إدارة الشؤون البحثية والاستشارات.
- إدارة التخطيط والتطوير.
- إدارة الشؤون الإدارية والمالية.
- إدارة العلاقات العلمية والثقافية.
- إدارة حدائق التكنولوجيا.
- إدارة الإعلام
- إدارة العلاقات الصناعية والأعمال.
- المشاريع الوطنية
- فرع الهيئة بمدينة بنغازي
- فرع الهيئة بمدينة سبها.